Był także współautorem dziesięciu innych płyt, a ostatnim jego projektem autorskim była adaptacja na grunt muzyki jazzowej utworów Wolfganga Amadeusa Mozarta, w tym Marsza tureckiego, głównego tematu Symfonii g-moll, tematu wariacji z I części Sonaty A-dur (KV 331), motetu Ave Verum Corpus (KV 618) oraz II i III części Koncertu klarnetowego A-dur (KV 622).
Był wykładowcą warsztatów jazzowych m.in. w Akademii Muzycznej im. I.J.Paderewskiego w Poznaniu.
Zmarł na atak serca 4 października 2008 w swoim domu w Przejazdowie koło Gdańska, został pochowany na Cmentarzu Komunalnym w Gdańsku-Łostowicach.
Dyskografia Płyty autorskie Children of Bird (1999). Emil Kowalski -, klarnet, Leszek Możdżer – fortepian, Cezary Paciorek – akordeon, Janusz Mackiewicz – kontrabas i Adam Czerwiński – perkusja KOLĘDY (2002). Emil Kowalski – clarinet, Dominik Bukowski – vibraphone, Janusz Mackiewicz – double bass. Emil Kowalski – Playing Benny Goodman... (2003). Emil Kowalski – clarinet, Cezary Paciorek – accordion, Sławomir Jaskułke – piano, Dominik Bukowski – vibraphone, Janusz Mackiewicz – double bass, Tomasz Sowiński – drums. Utwory: 1. Air Mail Special, 2. Stompin At The Savoy, 2. Moonglow, 3. Diga Diga Doo, 4. Benny's Buggle, 5. The World Is Waiting For The Sunrise, 6. Ev'ry Time We Say Goodbye, 7. I've Got Rythm – Passport, 8.