XX wieku zebrał większość danych taksonomicznych o gatunkach i rodzajach ryb świata, a następnie, wspólnie z Ronaldem Fricke z Muzeum Historii Naturalnej (Staatliches Museum für Naturkunde) w Stuttgarcie, opracował internetową bazę danych taksonomicznych o rybach – Catalog of Fishes, nadal rozwijaną i aktualizowaną.
W 1990 opublikował Catalog of the genera of recent fishes, obejmujący ponad 10 tys. nazw rodzajowych. W roku 1998 opublikował 3-tomowy Catalog of Fishes, obejmujący wszystkie znane nazwy rodzajów i gatunków ryb oraz wykaz oryginalnej literatury dotyczącej tych taksonów. W tym samym roku została udostępniona wersja elektroniczna książki – wspierana przez California Academy of Sciences – baza danych wszystkich dostępnych taksonów ryb.
Prace Eschmeyera stały się podstawowym źródłem danych taksonomicznych dla takich baz jak FishBase, czy Integrated Taxonomic Information System. W bazie ZooBank Eschmeyer redagował dane taksonomiczne oraz wykaz literatury z zakresu ichtiologii.
William N.