20 maja 2011 Sudan wysłał do Abyei 5 tys. żołnierzy, którzy po ciężkich walkach 21 maja 2011 anektowali region. W bitwie zginęło 22 żołnierzy Południa. Walki spowodowały ucieczkę tysięcy cywili w kierunku Bahr el Ghazal. 30 maja 2011 ustalono zawieszenie broni, 20 km linię demarkacyjną i demilitaryzację Abyei. Kroki te podjęto z inicjatywy Unii Afrykańskiej. Niedobór żywności wśród sił rebelianckich i plemion spowodował ataki na pastwiska wrogich plemion, grabieże i kradzieże bydła.
Ze spornego regionu w przeciągu miesiąca uciekło 113 tys. cywilów. Tuż przed ogłoszeniem niepodległości z rządem w Dżubie walczyło łącznie siedem bojówek. Rząd oskarżany był o korupcję i system autokratyczny. Według raportu ONZ w ciągu pół roku walk w Sudanie Południowym zginęło 1400 osób. 9 lipca 2011 Sudan Południowy proklamował oficjalnie niepodległość.