W 1991 w ramach Warszawskiej Opery Kameralnej Stefan Sutkowski zorganizował Festiwal Mozartowski poświęcony twórczości Wolfganga Amadeusa Mozarta, który od tego czasu stał się imprezą coroczną. Dwa lata później zainicjował Festiwal Oper Barokowych. Na scenie Warszawskiej Opery Kameralnej zapoczątkowano również kolejne festiwale: Gioacchina Rossiniego (1999), oper staropolskich (2000), Georga Friedricha Händla (2000).

Jako kierownik muzyczny od początku lat 60. brał udział w tworzeniu opracowań muzycznych dla teatrów dramatycznych i lalkowych. Współpracował m.in. z Kazimierzem Dejmkiem w Teatrze Narodowym. W latach 1971–1981 był wiceprezesem i następnie prezesem Stowarzyszenia Polskich Artystów Muzyków (SPAM). Przyczynił się także do powstania Fundacji Pro Musica Camerata, zajmującej się działalnością wydawniczą w zakresie nut oraz płyt kompaktowych z muzyką polską.

Był członkiem Rady Powierniczej Zamku Królewskiego w Warszawie.

Odznaczenia i wyróżnienia Odznaczony m.in. Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą (1996), a w 2001 postanowieniem prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego – „w uznaniu wybitnych zasług dla kultury polskiej” – Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski.