Manga Pierwszy rozdział mangi autorstwa Nobuhiro Watsukiego ukazał się w 19. numerze „Shūkan Shōnen Jump”, 12 kwietnia 1994 roku, a kolejne rozdziały publikowane były do 21 września 1999 roku (43. numeru). 255 rozdziałów zostało zebranych i opublikowanych w 28 tomach tankōbon przez Shueishę, przy czym pierwszy tom został wydany 2 września 1994 roku, a ostatni 4 listopada 1999 roku. W lipcu 2006 roku Shūeisha rozpoczęło ponowne wydawanie serii w dwudziestu dwóch tomach specjalnej edycji kanzenban. Jeden rozdział kontynuujący serię, który przedstawiał historię Yahiko Myōjina – , został pierwotnie opublikowany w „Shūkan Shōnen Jump” po zakończeniu publikacji oryginalnej serii. Pominięty w oryginalnych tomach, został dodany jako dodatek do wydania kanzenban.
W grudniu 2011 roku wydawnictwo Shūeisha ogłosiło, że Watsuki przerwie swoją ówcześnie tworzoną serię Embalming: The Another Tale of Frankenstein, aby rozpocząć reboot mangi Rurōni Kenshin, zatytułowany , w celu promocji filmu. Pierwszy rozdział mangi ukazał się w czerwcowym numerze „Jump Square”, które ukazało się 2 maja 2012 roku, a ostatni w lipcowym wydaniu z 4 czerwca 2013 roku. Reboot przedstawia bitwy ukazane w pierwszym filmie aktorskim.