W publicznym banku komórek macierzystych, finansowanym ze środków publicznych, każdy ma dostęp do zgromadzonych tam komórek macierzystych, jednakże tylko komórki macierzyste z wysokim stopniem zgodności HLA między dawcą i biorcą mogą zostać użyte do przeszczepu. W prywatnym banku komórek macierzystych, finansowanym przez ich klientów, klient może przechowywać własne komórki macierzyste i sam decydować o ich wykorzystaniu.
Istnieją wątpliwości dotyczące celowości przechowywania komórek macierzystych na potrzeby własne w bankach rodzinnych. Zwolennicy, argumentują, że jest to jedyny sposób na całkowite wyeliminowanie ryzyka odrzutu przeszczepu i ich lepszą akceptację przez organizm. Przeciwnicy wskazują na słabsze właściwości terapeutyczne komórek, ryzyko istnienia czynnika chorobowego w tychże komórkach, a także ich zbyt małą ilość w krwi pępowinowej.