Pierwsze problemy pojawiły się o 10:30, kiedy to zawiodły próby nawiązania kontaktu z lotniskiem im. Elefteriosa Wenizelosa w Atenach. Po paru minutach piloci zgłosili pojawienie się problemów bazie w Larnace i był to ostatni kontakt z samolotem. Nie doszło do planowanego międzylądowania o 10:45 w Atenach (docelowo samolot miał lecieć do Pragi), w odpowiedzi na to wysłane zostały dwa myśliwce F-16 z zadaniem zbadania sytuacji. O godzinie 11:18 pilotom F-16 udało się nawiązać kontakt wzrokowy z Boeingiem – odkryli nieprzytomnych pilotów za sterami samolotu. Przez jakiś czas samolot utrzymywał się w powietrzu dzięki autopilotowi, który na skutek braku reakcji załogi utrzymywał go nad ateńskim lotniskiem. Piloci myśliwców zauważyli jakiś czas później w kabinie poruszającą się osobę. Mężczyzna ten sprawiał wrażenie, jak gdyby próbował przejąć kontrolę nad maszyną. Późniejsze badania DNA ciał znalezionych w kabinie dowiodły, że do kabiny pilotów wszedł steward Andreas Prodromou i to on usiłował sprowadzić samolot na ziemię. Dziś wiadomo, jak to się stało, że jedna osoba zachowała świadomość, podczas gdy obaj piloci, reszta załogi i wszyscy pasażerowie byli nieprzytomni.