W sezonie 1999/2000 Łysica ponownie wywalczyła awans do IV ligi, jednak do utrzymania się w niej zabrakło bodzentyńskiemu zespołowi jednego punktu. Do stałej gry w IV lidze zespół powrócił w 2002 roku. W sezonie 2006/2007 zajął w niej 12 miejsce, oznaczające grę w barażach. W nich zmierzył się z Neptunem Końskie – przegrał 0:2 i 1:3, jednak dzięki utrzymaniu się w III lidze Wiernej Małogoszcz, w IV lidze pozostała również Łysica. Latem 2008 roku drużyna przystąpiła do rozgrywek nowej IV ligi (piąty poziom ligowy). W sezonie 2010/2011 zajęła w nich drugie miejsce, uzyskując promocję do III ligi.
W sezonie 2011/2012 Łysica II Bodzentyn zdobyła puchar Polski na szczeblu okręgu – w meczu finałowym pokonała po serii rzutów karnych KSZO 1929 Ostrowiec Świętokrzyski (1:1, k. 4:1). Sukces ten powtórzył dwa lata później pierwszy zespół Łysicy, wygrywając w finale 5:0 z Granatem Skarżysko-Kamienna.
Po zakończeniu sezonu 2024/2025 Łysica poinformowała o wycofaniu się z rozgrywek IV ligi.
Piłkarze
Osiągnięcia III liga: 2. miejsce: 2012/2013 16. miejsce: 1993/1994 Puchar Polski, grupa: Świętokrzyski ZPN: Zwycięstwo: 2011/2012 (Łysica II Bodzentyn), 2013/2014