W czasie okupacji hitlerowskiej kościół w Bieganowie był zamknięty. Po wojnie w 1945, gdy otwarto kościół, okazało się, iż jest on zniszczony przez grzyb.
Borykano się z nim bezskutecznie, budynek kościoła powoli niszczał.
W nocy z 1 na 2 stycznia 1982, ok. godz. 23:45 wybuchł pożar. Budynek spłonął w ciągu ok. 30 minut. Ocalała tylko wieża. Po spaleniu kościoła liturgię, za zgodą władz kościelnych i państwowych, odprawiano do dnia 17 lipca 1982 w świetlicy miejscowego Kombinatu Państwowych Gospodarstw Rolnych. 15 marca 1982 położono pierwszy element pod budowę. Szybka odbudowa świątyni możliwa była dzięki pracy parafian, a także pomocy dyrektora Kombinatu PGR Bogumiła Paula. Kościół został odbudowany na nowych fundamentach. Wieża, która jako jedyna ocalała, została wyremontowana. Ksiądz biskup Józef Glemp, późniejszy Prymas Polski, w asyście księdza biskupa Jana Czerniaka wmurował 21 kwietnia 1982 kamień węgielny we wnękę kościoła od strony szczytowej. Umieszczono tam również mosiężną tubę wraz z dokumentami. Już 17 lipca, tego samego roku, odbudowa kościoła została zakończona a 25 czerwca 1984 ksiądz prymas Józef Glemp uroczyście konsekrował całkowicie wyposażony kościół.