Przesłuchania i oskarżenie Akt oskarżenia przeciwko podsądnym zawierał zarzuty o „kontrrewolucyjne zbrodnie” oraz zorganizowane działanie w celu „obalenia, podważenia lub osłabienia Związku Radzieckiego”Arno Lustiger, Stalin and the Jews, wyd. New York: Enigma Books, 2003, s. 222. Ponadto napisano, że w śledztwie wykryto dowody, iż oskarżeni wykorzystywali ŻKA do szpiegostwa i szerzenia poglądów antyrządowych. Stwierdzono, że oskarżeni byli wrogami rządu jeszcze przed swoim zaangażowaniem się w ŻKA, zaś sam Komitet pełnił rolę międzynarodowej sieci przekazu antysowieckich poglądów.
Silne skupianie się na nieszkodliwej wymianie informacji między przywództwem ŻKA a przedstawicielami żydowskimi w innych krajach (w tym dziennikarzami amerykańskimi), służyło poparciu zarzutów o szpiegostwo. Kolejnym dowodem oskarżenia był list wystosowany przez ŻKA, będący formalną prośbą o ustanowienie na Krymie nowej żydowskiej ojczyznyLouis Rapoport, Stalin's War Against the Jews, wyd. New York: The Free Press, 1990, s. 122.