Od 1957 (kiedy część Łemków powróciła na ojcowiznę) w cerkwi zaczęto również odprawiać nabożeństwa według obrządku bizantyjsko-ukraińskiego, co trwało do czasu aresztowania przez władze państwowe księdza greckokatolickiego (1961). Od tej pory wierni z Koniecznej pozostawali pod opieką duchownych prawosławnych z Bartnego. W dniu 29 lipca 1969 cerkiew została przekazana do użytkowania Polskiemu Autokefalicznemu Kościołowi Prawosławnemu jako świątynia filialna utworzonej w 1967 parafii w Zdyni. Od tego czasu cerkiew kilkakrotnie remontowano (po 1969, w latach 1996–1999, po 2004).
Na podstawie ustawy z dnia 17 grudnia 2009 o uregulowaniu stanu prawnego niektórych nieruchomości pozostających we władaniu Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego świątynia stała się wyłączną własnością tego KościołaUstawa z dnia 17 grudnia 2009 r. o uregulowaniu stanu prawnego niektórych nieruchomości pozostających we władaniu Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego (Dz.U. 2010 nr 7 poz. 43), isap.sejm.gov.pl.