W tej sytuacji sułtan skoncentrował się na walce z Habsburgami, którą rozpoczął jego poprzednik, Murad III. W 1596 r. osobiście przybył z armią na Węgry, gdzie w październiku pokonał siły cesarskie pod wodzą arcyksięcia Maksymiliana Habsburga w bitwie pod Mezőkeresztes. Turcy nie potrafili jednak wykorzystać tego zwycięstwa. Walki trwały dalej, ograniczając się do oblegania i zdobywania bądź tracenia twierdz przez obie strony (zobacz: III wojna austriacko-turecka 1593–1605 r.). Jego armia podbiła Eger (1596), oblegała twierdzę Kosszeg, pokonała wojska habsburskie i siedmiogrodzkie w bitwie na równinie Keresztes, zdobywając twierdzę Kaniża. Prowadził walki z dążącym do niezależności księciem mołdawskim Michałem Walecznym, a po jego rozgromieniu podporządkował księstwa naddunajskie administracji tureckiej. Wspierał księcia siedmiogrodzkiego Stefana Bocskaya w walce z Habsburgami.
W 1599 r. imperium wstrząsnęły bunty tzw. dżelalich (tur. kurd. Celali ayaklanmalari) mające podłoże religijne (alewickie). Te niepokoje wewnętrzne stworzyły dogodną okazję do ataków wroga zewnętrznego. W 1603 r. szach Persji Abbas I Wielki odebrał Turkom Azerbejdżan z Tebrizem, zdobytym wcześniej przez Murada III. Na domiar złego bunt podniósł pierworodny syn sułtana, Mahmud.