Tryb życia Należy do gatunków osiadłych. Kryjówki letnie znajdują się zwykle w odległości do 30 km od kryjówek zimowych, chociaż znane są przeloty na odległość powyżej 100 km. Podkowiec mały jest gatunkiem ciepłolubnym, stąd zwykle przebywa w miejscach dobrze izolowanych termicznie.
Pożywienie Jak większość nietoperzy żywi się owadami latającymi nocą. Są to głównie muchówki, motyle nocne, siatkoskrzydłe oraz owady odbywające rójkę nad wodą, które łowi w locie pyszczkiem lub końcem skrzydła. Potrafi także zbierać pająki ze skał lub kory drzew, jak również inne nielotne bezkręgowce, np. pareczniki. Poluje nocą wśród zarośli i nad zbiornikami wodnymi, na polowania wylatuje późnym wieczorem. Lata wolno, ale zwinnie, najczęściej nisko nad ziemią. Podczas lotów posługuje się echolokacją, przy czym ultradźwięki (o częstotliwości około 110 kHz – najwyższej wśród krajowych nietoperzy) produkowane są przez krtań i emitowane przez nos. Jego system echolokacyjny wykrywa ruch skrzydeł owadów, dlatego owad będący w spoczynku jest dla niego „niewidoczny”.
Długość życia Średni wiek życia w warunkach naturalnych wynosi 3–4 lat. Najdłuższy zaobserwowany wiek podkowca małego to 29 lat i 5 miesięcy.