Szybko powrócił jednak do ojczyzny, bez większych sukcesów występując jeszcze w Jaguares de Chiapas przez dwa sezony, po czym w wieku 36 lat zakończył piłkarską karierę.
Kariera reprezentacyjna W seniorskiej reprezentacji Meksyku Almaguer zadebiutował 14 marca 1991 w wygranym 3:0 meczu towarzyskim z Kanadą. Osiem lat później został powołany przez selekcjonera Manuela Lapuente na turniej Copa América, gdzie rozegrał jedno spotkanie, natomiast jego kadra odpadła w półfinale, zajmując trzecie miejsce. W 2000 roku znalazł się w składzie na Złoty Puchar CONCACAF; tam z kolei Meksykanie odpadli już w ćwierćfinale, natomiast Almaguer dwukrotnie pojawiał się na boisku. Swój bilans reprezentacyjny zamknął ostatecznie na siedemnastu rozegranych meczach bez zdobytej bramki.
Kariera trenerska Karierę szkoleniową Almaguer rozpoczynał w stołecznej ekipie Club América, pełniąc funkcję asystenta trenera Manuela Lapuente, z którym współpracował już jako piłkarz. W takiej samej roli pracował w późniejszym czasie w drużynie Jaguares de Chiapas, lecz już po kilku tygodniach objął funkcję pierwszego szkoleniowca zespołu. 23 lutego 2008, w swoim debiucie na ławce trenerskiej, wygrał ligowe spotkanie z Tecos UAG wynikiem 2:0.