Prześladowany za swą działalność przez władze państwowe i kościelne. Wyrokiem z 16 września 1889 został uznany winnym przestępstw kościelnych i skazany na utratę probostwa w Kulikowie i na 6-tygodniowe rekolekcje w klasztorze w Sanoku. Władze kościelne nałożyły sekwestr na dochody księdza Stojałowskiego, następnie został zasuspendowany, a w sierpniu 1896 wyklęty przez Watykan. Klątwa, po złożeniu obszernych wyjaśnień przez księdza Stojałowskiego, została cofnięta we wrześniu 1897. Dwukrotnie aresztowany przed wyborami do parlamentu austriackiego (6 października 1888 i 15 listopada 1894), a także w październiku 1896 przed uzupełniającymi wyborami do Sejmu Krajowego Galicji VII kadencji w Sanoku, gdy w sposób – zdaniem prasy – niegodny dokonano jego zatrzymania i odstawienia do miejscowego aresztu. Był 27 razy więziony, łącznie spędził w więzieniach i aresztach 9 lat.

Zmarł 23 października 1911 na Zaciszu w Krakowie. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w KrakowiePogrzeb ks. Stojałowskiego Czas 1911 nr 490 z 26 października s. 2.