Pierwszą pracę w roli szkoleniowca Markarián podjął w ekipie Bella Vista, zostając trenerem juniorów. Z młodzieżową drużyną dwukrotnie wywalczył mistrzostwo Urugwaju, co zaowocowało przejęciem pierwszego zespołu Bella Vista. W sezonie 1976 awansował z nim do urugwajskiej Primera División i tam triumfował w towarzyskim turnieju Torneo de Receso Año Internacional Del Niño. W 1980 odszedł do Danubio, natomiast rok później został opiekunem River Plate Montevideo. Z tą ekipą zakwalifikował się do Copa Libertadores, pokonując w turnieju eliminacyjnym Peñarol i Nacional. Dał także zadebiutować w najwyższej klasie rozgrywkowej przyszłemu reprezentantowi kraju, Carlosowi Aguilerze. Kilka miesięcy później, podczas drugiego pobytu w Danubio, odkrył natomiast talent Rubéna Sosy i dostał się do Liguilli Pre-Libertadores, przez którą jednak nie zdołał awansować do Pucharu Wyzwolicieli.
W 1983 roku Markarián podpisał umowę z paragwajskim Club Olimpia z siedzibą w stołecznym Asunción. Już w swoich premierowych rozgrywkach wywalczył z Olimpią mistrzostwo Paragwaju. W tym kraju pracował przez kolejne dziesięć lat, nie licząc krótkiego epizodu w ojczyźnie, gdzie trenował Nacional w 1987 roku.