Wiosenne rozgrywki Clausura 2003 Mendoza spędził na wypożyczeniu w CF Monterrey, kolejny raz zdobywając wówczas tytuł mistrzowski. W 2004 roku, ponownie jako zawodnik Amériki, zajął ze swoją ekipą drugie miejsce w turnieju InterLigi, dzięki czemu mógł wziąć udział w Copa Libertadores – tam odpadł po dwumeczu 1/8 finału. W sezonie Clausura 2005 po raz trzeci w karierze osiągnął tytuł mistrza kraju. Bezpośrednio po tym sukcesie przeszedł do San Luis FC, gdzie podczas Clausury 2006 wywalczył wicemistrzostwo Meksyku. Ze względu na słabą pozycję w pierwszej jedenastce był wypożyczany na pół roku do Atlante FC i Monarcas Morelia, a także na rok do drugoligowych Tampico Madero i Petroleros de Salamanca.
W sezonie 2009/2010 Mendoza, jako zawodnik drugoligowego Club Necaxa, zwyciężył zarówno w rozgrywkach Apertura, jak i Clausura, awansując z zespołem do pierwszej ligi. Sam pozostał jednak w Liga de Ascenso, pomagając dojść ekipie Tiburones Rojos de Veracruz do finału drugiej ligi w fazie Apertura 2010. Wiosną 2011 został piłkarzem CF La Piedad, skąd po pół roku przeszedł do Club Celaya, także z drugiej ligi meksykańskiej.