W kwietniu 2001 Limonow został osadzony w więzieniu za nielegalne posiadanie broni, działalność terrorystyczną, organizowanie nielegalnej grupy zbrojnej i próbę rewolucji w Kazachstanie. Oskarżenie bazowało na artykule w „Limonce”, na podstawie którego wywnioskowano, że Limonow planuje utworzenie armii celem inwazji na Kazachstan. Został skazany i odbył karę dwóch lat pozbawienia wolności, po czym został zwolniony za dobre sprawowanie.
Wśród swoich idoli Limonow wymieniał Józefa Stalina, Michaiła Bakunina, Juliusa Evolę i Yukio Mishimę.
Był czterokrotnie żonaty, miał dwójkę dzieci.
Pochowany na Cmentarzu Trojekurowskim w MoskwieМосковский некрополь. ЛИМОНОВ Эдуард Вениаминович.
Nagrody i osiągnięcia W 1992 otrzymał nagrodę właścicieli i redaktorów ważniejszych francuskich wydawnictw „Jean Frustie” za powieść Cudzoziemiec w rodzinnym mieście, która opowiada o jego pierwszych po emigracji odwiedzinach w Moskwie i Charkowie.