W trzeciej dekadzie sierpnia 1939, w czasie mobilizacji alarmowej, objął stanowisko dowódcy piechoty dywizyjnej rezerwowej 41 Dywizji Piechoty. W jej składzie walczył w kampanii wrześniowej. Próba przedostania się do Rumunii skończyła się uwięzieniem przez Sowietów w obozie jenieckim w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany w Charkowie przez funkcjonariuszy NKWD i potajemnie pogrzebany w bezimiennej, zbiorowej mogile w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na Liście Starobielskiej NKWD pod poz. 2858.

Grób symboliczny płk. Stanisława Raganowicza znajduje się na łomżyńskim cmentarzu parafialnym.

Postanowieniem nr 112-48-07 Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Lecha Kaczyńskiego z 5 października 2007 został awansowany pośmiertnie na stopień generała brygady.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.

15 sierpnia 1922 ożenił się z Heleną Wandą z Jakubowskich.