Pierwsza ze zmian miała związek z prowadzonymi prześladowaniami staroobrzędowców, czym zajmowali się hierarchowie w porozumieniu z lokalnymi organami władzy świeckiej.
Relacje między carem, patriarchą i Uświęconym Soborem nie zostały jednak nigdy precyzyjnie skodyfikowane. Ogólnie przyjmowano, iż zadaniem patriarchy pozostało zwoływanie soborów, wstępne wskazywanie kandydatów na biskupów (kandydatury te w obecności cara omawiał Sobór, wybierając jedną osobę z kilku wskazanych), dopuszczano również jego udział w dyskusjach nad sprawami państwa. Patriarchę wybierał Sobór, jednak decydujący głos cara w dyskusji w tej kwestii stał się powszechnie akceptowaną tradycją. Wbrew zaleceniom soboru z 1666 zachowany został obyczaj powtórnej patriarszej chirotonii. Innym charakterystycznym obrzędem związanym z osobą patriarchy moskiewskiego i całej Rusi w pierwszym okresie patriarchatu była jazda na ośle w dniu święta Wjazdu Pańskiego do Jerozolimy (Niedziela Palmowa). W dniu tym patriarcha objeżdżał na ośle Kreml moskiewski i jego sąsiedztwo, zaś zwierzę prowadził za uzdę car. Obrzęd ten funkcjonował do 1697.
Drugi okres istnienia patriarchatu Postanowienia Soboru Lokalnego z lat 1917–1918