Jest również ordynariuszem eparchii moskiewskiej oraz honorowym zwierzchnikiem metropolii moskiewskiej i wszystkich instytucji stauropigialnych Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego (poza terytorium administratur autonomicznych), w pierwszej kolejności ławry Troicko-Siergijewskiej.
Rys historii urzędu patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Od 1458 w Moskwie istniała prawosławna metropolia, wydzielona samoistnie poprzez wypowiedzenie nieposłuszeństwa wobec Konstantynopola (zrywając tym samym jedność i podporządkowanie wobec metropolii kijowskiej).
Jako pierwszy życzenie ustanowienia w Moskwie prawnie uznawanego autokefalicznego patriarchatu – w miejsce metropolii – wyraził car Fiodor w 1586, w czasie wizyty patriarchy antiocheńskiego Joachima w Moskwie.
Decyzję w tej sprawie wydał patriarcha konstantynopolitański Jeremiasz II, do czego przymusił go car Rosji Borys Godunow. Pierwszego patriarchę wybrał osobiście car 17 stycznia 1589, wskazując na dotychczasowego metropolitę moskiewskiego Hioba. 26 stycznia patriarcha Jeremiasz nadał Hiobowi godność patriarchy, następnie został on uroczyście intronizowany, a ceremonii tej również przewodniczył patriarcha Konstantynopola.