Swoją filozofię oparł w dużej mierze na augustynizmie. Przez papieża Sykstusa V porównany wraz z Tomaszem z Akwinu do dwóch pochodni oświecających cały Kościół. Jan Duns Szkot, Doctor subtilis (Doktor subtelny). W odróżnieniu od Bonawentury swoją filozofię i teologię oparł nie na Platonie i Augustynie, lecz na Arystotelesie, uczynił to jednak w inny sposób, niż w tomizmie, dając początek skotyzmowi. Jego uzasadnienie Niepokalanego Poczęcia Maryi stało się podstawą ogłoszonego kilkaset lat później dogmatu.
Biblistyka W dziedzinie nauk biblijnych należy podkreślić wkład franciszkanów związanych z Studium Biblicum Franciscanum w Jerozolimie. Sławą największego biblisty wśród franciszkanów cieszy się jednak Gabriele Allegra, którego dziełem jest całościowe tłumaczenie Biblii na język chiński.
Nauki ścisłe Na polu nauk empirycznych największą postacią franciszkanizmu stał się Roger Bacon, zwany Doctor mirabilis, ojciec metod eksperymentalnych. Zajmował się – prócz filozofii – matematyką, astronomią, geografią, fizyką, chemią. Przepowiedział dużą liczbę późniejszych odkryć i wynalazków. Jego domeną była też filologia języków potrzebnych w biblistyce i pracy misyjnej: hebrajskiego, greckiego i arabskiego.