W oparciu o rozkaz Departamentu Dowodzenia Ogólnego MSWojsk. L.dz. 4359 tjn. z 19 lipca 1937, w 3 pułku lotniczym powstały jeszcze 2 eskadry towarzyszące oraz dowództwo IV dywizjonu towarzyszącego, w skład którego weszły wszystkie eskadry towarzyszące pułku. Zalążkiem dla nowo formowanych eskadr była właśnie 33 eskadra. W nowej strukturze wszystkie eskadry towarzyszące miały po 2 plutony, dysponując 3 samolotami każdy, plus samolot dowódcy eskadry. W okresie reorganizacji 33 eskadra przeniosła się do nowo wybudowanego hangaru na Ławicy. Zimą 1938 załogi ćwiczyły współdziałanie z 25 Dywizją Piechoty. Latem, wspólnie z wojskami lądowymi, ćwiczono na terenie Pomorza i Wielkopolski. W grudniu trwała szkoła ognia lotniczego.
Działania 33 eskadry obserwacyjnej w 1939 Wzmagające się zagrożenie wybuchem wojny z III Rzeszą Niemiecką narzuciło konieczność bardziej intensywnego przygotowania się do działań bojowych. W lutym eskadra odleciała na szkołę ognia. Eskadrze wymieniono samoloty R.XIIID na znacznie nowocześniejsze RWD-14 Czapla. Z uwagi na fakt, że plutony miały działać samodzielnie, podzielono posiadany sprzęt i wyposażenie materialowo-warsztatowe na dwie części. W tym czasie do eskadry zaczęli napływać rezerwiści powoływani imiennymi kartami MOB. Od połowy sierpnia zarządzono w 3 pułku lotniczym pogotowie.