wykładał historię filmu w Akademii Filmowej stanowiącej kontynuację Dyskusyjnego klubu filmowego „Kwant” w Warszawie a także w dwuletniej Akademii Polskiego Filmu.
Był członkiem Związku Literatów Polskich (1972–1983; w tym członkiem zarządu Oddziału Warszawskiego), Stowarzyszenia Pisarzy Polskich, Stowarzyszenia Filmowców Polskich (w którym przewodniczył Kołu Piśmiennictwa Filmowego) oraz polskiego PEN Clubu (w którym w 1997 został członkiem zarządu). Był członkiem komitetu poparcia Bronisława Komorowskiego przed wyborami prezydenckimi w 2010 i w 2015.
W 2011 został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski. W 2014 otrzymał Krzyż Wolności i Solidarności. W 2020 otrzymał Nagrodę Stowarzyszenia Filmowców Polskich za wybitne osiągnięcia artystyczne.
W 2020, z okazji jego 80. urodzin ukazała się książka pt. Kino to nie wszystko. Księga pamiątkowa w 80. urodziny Andrzeja Wernera (pod redakcją Andrzeja Szpulaka i Mateusza Wernera; autorzy: Jacek Bromski, Sławomir Buryła, Marek Hendrykowski, Barbara Hollender, Maryla Hopfinger, Andrzej S.