Jednak w 1361 roku, po śmierci Filipa I z Rouvres, księstwo znów przeszło w ręce króla Francji.
W 1363 roku księstwo przeszło w posiadanie bocznej linii francuskich Walezjuszów, kiedy Filip II Śmiały otrzymał Burgundię w apanażeApanages in the French Monarchy od swojego ojca, króla Francji Jana II Dobrego. Jego następcy w kolejnych latach, dzięki małżeństwom i dziedziczeniu, przejmowali władzę w krajach niderlandzkich, m.in. we Flandrii, Brabancji, Holandii, a także w Luksemburgu i innych pomniejszych hrabstwach na terenie Królestwa Francji i Cesarstwa. Wszystkie kraje, którymi władali książęta burgundzcy, zachowywały odrębność ustrojową, a władcy każdorazowo przyjmowali tytuł właściwy w danym kraju (np. hrabiego Flandrii, księcia Brabancji itd.). Z czasem całość ziem tworzyć zaczęła tzw. państwo burgundzkie, które dzięki takim centrom handlowym jak Brabancja czy Flandria, było jednym z najbogatszych krajów Europy. W 1420, na mocy traktatu w Troyes księstwo Burgundii i inne lenne ziemie, podległe do tej pory królowi Francji, uzyskały niezależność. Księstwo Burgundii, zwłaszcza w XV wieku, odgrywało istotną rolę w europejskiej polityce. Podczas wojny stuletniej władcy Burgundii z czasem opowiedzieli się po stronie Anglii.