W latach 2003–2004 był zawodnikiem Independiente Avellaneda, w którym pożegnał się z argentyńską ekstraklasą, w której w latach 1991-2004 Morales rozegrał 259 meczów, w których strzelił 37 bramek. W latach 2004–2006 występował w Kolumbii. Najpierw w latach 2004-2006 był zawodnikiem Atlético Nacional, z którym zdobył mistrzostwo Kolumbii Apertura Finalisima 2005. W 2006 krótko był zawodnikiem Millonarios FC. Karierę zakończył w 2007 w Chile w Universidad Católica.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1990/91 CA Huracán
Primera División 12 4 1991/92 CA Huracán
Primera División 38 3 1992/93 CA Huracán
Primera División 38 6 1993/94 CA Huracán
Primera División 37 4 1994/95 CA Huracán
Primera División 35 6 1995/96 Club Atlético Lanús
Primera División 34 6 1996/97 Club Atlético Lanús
Primera División 32 4 1997/98 Club Atlético Lanús
Primera División 13 2 1998/99 Club Atlético Lanús
Primera División 31 4 1999/2000 CD Tenerife
Segunda División 34 3 2000/01 CD Tenerife
Segunda División 32 3 2001/02 CD Tenerife
Primera División 18 1 2002/03 CD Tenerife
Segunda División 5 0 2002/03 Club Atlético Lanús
Primera División 8 2 2003/04 Independiente Avellaneda
Primera División 16 2 2004 Atlético Nacional
Categoría Primera A 15 3