W 1923 przeniósł się do Warszawy, gdzie rozpoczął pracę jako zastępca profesora teologii moralnej szczegółowej i pastoralnej na Wydziale Teologii Katolickiej Uniwersytetu Warszawskiego. W 1924 został profesorem nadzwyczajnym, a w 1936 zwyczajnym.
W latach 20. i 30. XX wieku mieszkał w Domu Profesorów przy ul. Nowy Zjazd 5 w Warszawie. Należał do Stowarzyszenia Mieszkaniowego Spółdzielczego Profesorów Uniwersytetu Warszawskiego.
W czasie okupacji brał udział w tajnym nauczaniu, jako wykładowca teologii moralnej. Pod koniec wojny był rektorem akademickiego kościoła św. Anny. Powstanie warszawskie przeżył w Warszawie, skąd przeszedł przez obóz w Pruszkowie. Po krótkim pobycie w Częstochowie wrócił do Warszawy, gdzie podjął pracę profesora na katedrze teologii moralnej ogólnej i etyki.
Zmarł nagle w 1952 we Wrocławiu. Został pochowany na tamtejszym cmentarzu św. Wawrzyńca (2a / 1 / 14) śp. Zygmunt Kozubski. mały|Grób ks. prof. Zygmunta Kozubskiego na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu