Tym meczem FCB zakończyło najlepszy sezon w historii występów szwajcarskich klubów w europejskich pucharach. W 2004 roku gracze FCB zapewnili sobie tytuł mistrza kraju 4 kolejki przed końcem rozgrywek. W 36 kolejkach meczach ponieśli tylko 3 porażki. W kolejnym sezonie znowu byli niepokonani na krajowym podwórku.
W sezonie 2008/09 FC Basel ponownie wystąpiło w Lidze Mistrzów, jednak wyniki nie były tak wspaniałe. Po pokonaniu w eliminacjach IFK Göteborg i Vitoria Guimaraes, FCB awansowało do fazy grupowej. W Grupie C zagrali z FC Barceloną, Sportingiem oraz Szachtarem Donieck. Basel wypadło słabo, dwa razy przegrywając po 0:5, jedyny mecz gdzie się zdołali zdobyć punkty, był remis 1:1 z FC Barceloną na wyjeździe, gdzie bramkę na wyrównującą zdobył Eren Derdiyok. Basel zajęło ostatnie miejsce z 1 punktem, i odpadło z rozgrywek.
Na własnym boisku nie przegrali między 1 grudnia 2002 (mecz z FC Zürich 1:2) a 13 maja 2006 (dokładnie ten sam rywal i ten sam wynik – tytuł mistrza Szwajcarii utracony na rzecz zuryskiego klubu w doliczonym czasie gry).