Przed kolejnymi wyborami uzupełniającymi, tym razem na Pomorzu w 1920, aktywnie agitowała na rzecz swojej partii, m.in. w Toruniu, gdzie jedno z jej przemówień spowodowało wszczęcie przeciwko niej przez lokalną prokuraturę śledztwa z powodu rzekomego pomówienia znanego w lokalnym środowisku księdza. Śledztwo zostało jednak umorzone przez Sejm z powodu przysługującego jej immunitetu poselskiego. W kolejnych wyborach w roku 1922 bez powodzenia ubiegała się o reelekcjęMariola Kondracka, Aktywność parlamentarna posłanek i senatorek Rzeczypospolitej Polskiej w latach 1919–1927, [w:] Agnieszka Janiak-Jasińska, Katarzyna Sierakowska, Andrzej Szwarc (red.), Działaczki społeczne, feministki, obywatelki. Samoorganizowanie się kobiet po 1918 roku (na tle porównawczym), tom II, Wydawnictwo Neriton, Warszawa 2009, , s. 50–52, 55, 56, 68, 72..
Zmarła 8 marca 1963 w Poznaniu. Została pochowana 11 marca 1963 na cmentarzu Miłostowo w PoznaniuFranciszka Wilczkowiak – miejsce pochówku [dostęp z dnia: 2016-04-03]. (pole 8, kwatera 26, rząd 5, miejsce 4).
Upamiętnienie Na elewacji zewnętrznej Biblioteki Publicznej w Gostyniu od 2018 roku znajdował się mural upamiętniający Franciszkę Wilczkowiakową.