W Wojsku Polskim od 1 lutego 1919 roku był komendantem Szpitala Zapasowego w Wadowicach. 24 czerwca 1920 roku został zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 roku w stopniu podpułkownika, w korpusie lekarskim, w grupie oficerów byłej armii austro-węgierskiej. W 1921 roku został kierownikiem Rejonu Sanitarnego Gniezno, pozostając oficerem nadetatowym 7 batalionu sanitarnego w Poznaniu. 3 maja 1922 roku został zweryfikowany w stopniu pułkownika starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 roku i 51. lokatą w korpusie oficerów sanitarnych, grupa lekarzy, a jego oddziałem macierzystym była Kompania Zapasowa Sanitarna Nr 4. W kwietniu 1924 roku został przydzielony do Szefostwa Sanitarnego Okręgu Korpusu Nr VII w Poznaniu na stanowisko kierownika Wydziału Superrewizyjno-Inwalidzkiego. 16 marca 1925 roku Prezydent RP Stanisław Wojciechowski nadał mu z dniem 31 maja 1925 roku stopień generała brygady, wyłącznie z prawem do tytułu. Z dniem 31 maja 1925 roku został przeniesiony w stan spoczynku. Zamieszkał w Krakowie, gdzie pracował jako lekarz Kasy Chorych. Zmarł 18 stycznia 1928 roku w Gnieźnie. Został pochowany na cmentarzu św. Piotra i Pawła w Gnieźnie.
Edward Hein był żonaty z Emmą z Schaefferów, z którą miał córki: Emanuelę (ur. 1916) i Małgorzatę (ur.