Jedna z ostatnich dat wydaje się właściwą, gdyż wystawienie dokumentu lokacyjnego wyprzedziło o kilka lat zarówno założenie miasta, jak i budowę świątyni. Nie dano jej jednak tak popularnego w wielu miastach wezwania Najświętszej Marii Panny, gdyż posiadał je już kościół kolegiacki na Ostrowie Tumskim. Początkowo patronat nad kościołem pełniła kapituła katedralna, która po 20 latach przekazała go monarsze.
Kolejnymi opiekunami fary, w 1282, zostały dominikanki. Znamy również dwie daty, w których kościół poddano znacznym pracom budowlanym. Były to lata 1388 i 1442, jednak już w 1447, podczas wielkiego pożaru Poznania, kościół został zniszczony. Wówczas opiekę nad farą i finansowanie jej odbudowy przejął osobiście król Kazimierz Jagiellończyk, który jednocześnie odebrał patronat dominikankom. Odbudowany kościół ponownie otwarto w 1470, a dekretem biskupa Andrzeja Bnińskiego z 29 kwietnia tegoż roku przy kościele powołano dziekanię. Rok potem, 5 lipca 1471, nadano mu godność kolegiaty oraz kapituły z liczbą nie ponad czternastu członków, w tym proboszcza, dziekana, kustosza i kantora. W pierwszej połowie XVI w. niektórzy kaznodzieje propagowali poglądy reformacyjne, m.in. ks. Andrzej Samuel. W 1555 Zygmunt August przekazał patronat nad kościołem magistratowi Poznania.