W wyniku trudniej sytuacji po masakrze Whitmana z 1847, w której zginęło wielu misjonarzy protestanckich i która doprowadziła do niełatwych relacji między nim a Indianami i rządem USA, bp Blanchet postanowił wycofać się do St. Paul, miasteczka założonego przez jego brata. Kryzys po masakrze z 1847 doprowadził do opuszczenia przez kapłanów diecezji Walla Walla, która ostatecznie w 1853 została zlikwidowana.
Sytuacja w stanie Oregon sprawiła, iż w 1850 papież Pius IX zreorganizował podział administracyjny Kościoła w tym regionie. Powstała nowa diecezja Nesqually z siedzibą w Vancouver, a diecezja Oregon City podniesiona została do rangi metropolii. Pierwszym ordynariuszem Nesqually został bp Blanchet. Diecezja obejmowała całe Terytorium Waszyngtonu (od 1889 stan Waszyngton). Katedra została wybudowana w pobliżu Vancouver i uroczyście poświęcona w 1851. Podczas swej kadencji bp Blanchet pracował duszpastersko jako misjonarz wraz z podległymi mu kapłanami, zorganizował dwie rady prowincjonalne i dwukrotnie brał udział w Synodzie Plenarnym w Baltimore. W 1852 miał okazję odwiedzić Meksyk, Amerykę Płd. i Europę w celu zebrania funduszy dla swej diecezji. Powrócił w 1856 wraz z kilkoma siostrami miłosierdzia.