Organy W listopadzie 2009 roku w kościele zostały oddane do użytku organy niemieckiej firmy Romanus Seifert & Sohn z Kevelaer. Zostały zmontowane przez Mariana Tetlaka z Rzeszowa. Szafa organowa znajduje się na wyższym, a stół gry na niższym poziomie chóru muzycznego. Skala manuałów: C-g3; skala pedału: C-f1. Ze względu na swą wysoką jakość artystyczną instrument ten doskonale nadaje się do celów koncertowych.
Inne elementy wyposażenia Chrzcielnica przedstawiająca chrzest Chrystusa w Jordanie z unoszącą się nad głową Chrystusa postacią Ducha Świętego, zaprojektowana przez Wincentego Kućmę i wykonana w brązie w oknie prezbiterium znajduje się barwny witraż przedstawiający sceny z Ewangelii o Dobrym Pasterzu zaprojektowany przez prof. Andrzeja Ziębińskiego z Krakowa, a wykonany w pracowni witrażowej Krzysztofa Paczki w Krakowie figura MB Fatimskiej otaczanej czcią wiernych tutejszej parafii w czasie uroczystych nabożeństw fatimskich, które odbywają się 16. dnia każdego miesiąca od maja do października. W czasie tych nabożeństw w procesji niesiona jest przez parafian ulicami Krościenka.