Dlatego po zakończeniu wojny decyzją Rady Miasta Nowosybirska oraz Sowieckiej Rady Ministrów powołano do życia Ogród zoologiczny w Nowosybirsku. Było to pierwsze zoo na Syberii i jedyne w tym czasie znajdujące się na wschód od Uralu. Zajmowało powierzchnię 0,84 hektara i pod jego opieką znajdowały się 34 gatunki ssaków i 20 gatunków ptaków. Od samego początku baza lokalowa zoo była niesatysfakcjonująca. W 1949 podjęto decyzję o budowie nowego zoo, ale nie została ona zrealizowana. Mimo to powoli rozbudowywano istniejący ogród zoologiczny.
W 1953 kolekcja zoo liczyła 230 zwierząt, należących do 72 różnych gatunków. Liczba ta powoli wzrastała, w 1956 zoo zamieszkiwały już 82 gatunki. W 1957 w zoo wybuchł pożar, którego rozprzestrzenianie się ułatwiało używanie drewnianych klatek. Generalnie rzecz biorąc zoo nie było przystosowane do opieki nad egzotycznymi zwierzętami, głównie z powodu uciążliwego syberyjskiego klimatu. Wielokrotnie podejmowano decyzje o rozbudowie ogrodu zoologicznego lub budowie nowego (np. w 1959 i 1978), ale decyzje administracyjne pozostawały martwe z braku środków. Udało się natomiast unowocześnić już istniejące budynki, zapewnić zwierzętom większy komfort oraz systematycznie powiększać ich liczbę. W 1985 żyły w nim 824 zwierzęta reprezentujące 271 różnych gatunków.