Później przeniósł się do Mediolanu, gdzie podpisał trzyletni kontrakt z Nerazzurrimi i rozpoczął pracę z młodzieżą InteruOficjalnie: Stramaccioni trenerem Primavery. Odrzucił wówczas ofertę Arrigo Sacchiego objęcia posady selekcjonera młodzieżowej reprezentacji Włoch do lat 17. Inter Mediolan Primavera W 2011 r. zastąpił Fulvia Peę na stanowisku trenera Primavery (U-20). Primaverę Interu poprowadził 25 marca 2012 r. do zwycięstwa (5:3 po karnych z Ajaxem po 90 min. 1:1) w prestiżowym turnieju NextGen Series (2011/2012) uznawanym za nieoficjalne Mistrzostwa Europy drużyn młodzieżowych. Zespół zakończył sezon 2011/12 wywalczeniem młodzieżowego Mistrzostwa Włoch. Inter Mediolan 26 marca 2012 roku objął posadę trenera seniorskiej drużyny Interu Mediolan, zastępując tym samym na tym stanowisku Claudio Ranierego stając się trzecim najmłodszym trenerem w historii Interu. Ofertę poprowadzenia Nerazzurrich otrzymał zaledwie dzień po sukcesie. Z Interem zakończył sezon 2011/12 na szóstym miejscu w lidze. Latem 2012 przedłużył kontrakt o dalsze trzy lata. FIGC wyraziła zgodę na prowadzenie przez niego zespołu pierwszoligowego pod warunkiem, że w czerwcu 2013 uzyska Licencję Pro.