Do dyspozycji zwiedzających były początkowo tylko dwie galerie, a większość zbiorów była niedostępna; Clark udostępniał je stopniowo, poprzez kolejne wystawy.

W 1960 rozpoczęły się istotne zmiany w życiu placówki. Po śmierci Francine Clark w kwietniu muzeum pozyskało dodatkowy kapitał, dzięki któremu mogło myśleć zarówno o nowych nabytkach, jak i specjalnych inicjatywach programowych. W pobliskim Williams College utworzono stanowisko profesora dla The Clark (Clark Professorship), co przyciągnęło doń historyków, służących radą i pomocą muzeum, przy którym rozpoczęto organizowanie centrum naukowo-badawczego. Postanowiono uruchomić dwuletnie studium historii sztuki.

W 1964 roku The Clark otworzył własną bibliotekę, dziś jedną z najlepszych bibliotek historii sztuki w Ameryce Północnej. Na potrzeby biblioteki zakupiono zbiory bibliograficzne historyka sztuki, W.R. Juynbolla;