Ponadto mieszkańcy Sudanu Południowego to większości chrześcijanie oraz animiści, podczas gdy północ jest regionem zdominowanym przez islam.
W lutym 1953 roku Wielka Brytania i Egipt zdecydowały o przyznaniu niepodległości dla Sudanu jako jednego państwa. Napięcia wewnętrzne wzrosły, a szczególnym momentem była data 1 stycznia 1956, kiedy to Sudan miał oficjalnie stać się niepodległym państwem. Okazało się wtedy, że liderzy polityczni z północy chcą zrezygnować z zobowiązania do stworzenia rządu federalnego, który dałby południowym rejonom znaczną autonomię. Wydarzenia te stały się zarzewiem do konfliktu na wielką skalę.
Konsekwencje konfliktu W całym okresie konfliktu zginęło około 500 tys. ludzi, z czego aż około 80% to cywile nie biorący udziału w konflikcie. Setki tysięcy ludzi zostało zmuszonych do ucieczki ze swych domów. Porozumienie z Addis Abeby okazało się tylko chwilowym rozwiązaniem. Wielokrotne pogwałcenia porozumienia o zawieszeniu broni przez północ, a także odkrycie bogatych złóż ropy naftowej doprowadziły do niepokojów i wybuchu kolejnej wojny domowej.