W 2006 Międzynarodowy Trybunał Karny (MTK) z Hagi wydał za Ntagandą nakaz aresztowania wskutek popełnienia przez niego zbrodni wojennych i werbowania dzieci poniżej 15. roku życia do oddziałów militarnych. W tym samym roku popadł w konflikt z dowództwem UPC, w wyniku czego powrócił do rodzinnej prowincji Kiwu. Dołączył wówczas do Narodowego Kongresu na rzecz Obrony Ludu (CNDP) pod dowództwem Laurenta Nkundy, który wówczas prowadził rebelię antyrządową. Po wkroczeniu w szeregi partyzantów, został szefem sztabu.
Po rozbiciu rebeliantów, aresztowaniu Nkundy i podpisaniu porozumienia pokojowego 23 marca 2009, CNDP została zalegalizowaną partią polityczną, a Ntaganda otrzymał posadę generała armii narodowej z oddziałem w Gomie w Kiwu, pomimo poszukiwań Ntagandy przez MTK.
23 marca 2012 w trzy lata od porozumień pokojowych, generał Bosco Ntaganda zbuntował się i uformował Ruch 23 Marca. Wpływ na to miały sfałszowane według opozycjonistów wybory generalne z 28 listopada 2011. 4 kwietnia 2012 generał wraz z 300 żołnierzami zdezerterował w prowincji Kiwu. Doszło wówczas do walk z armią pod Rutshuru. W wyniku tego 11 kwietnia 2012 prezydent Kabila wydał nakaz aresztowania Ntagandy.