Jana i Suzanne Brzękowskich (Biblioteka Polska w Paryżu). Laureat nagrody Ministra Kultury i Sztuki (1999, konkurs „Ślady Pamięci”), Nagrody Krajowej Przeglądu Wschodniego i nagrody indywidualnej Ministra Edukacji Narodowej (2001). Za pracę Między prometeizmem a Realpolitik. II Rzeczpospolita wobec Ukrainy Sowieckiej 1921-1926Jan Jacek Bruski z UJ nagrodzony za książkę historyczną o Europie Środkowej otrzymał w 2010 roku nagrodę im. Henryka Wereszyckiego i Wacława Felczaka.
Autor prac nominowanych do nagród im. Jerzego Giedroycia (2002) i Nagrody Historycznej Polityki (2008).
Jego zainteresowania badawcze obejmują dzieje najnowsze Europy Środkowo-Wschodniej, ze szczególnym uwzględnieniem historii Ukrainy, Czech i Słowacji; historię dyplomacji i stosunków międzynarodowych okresu międzywojennego.
Publikacje Monografie
1. Petlurowcy. Centrum Państwowe Ukraińskiej Republiki Ludowej na wychodźstwie, 1919-1924, Wydawnictwo Arcana, wyd. 1, Kraków 2000, wyd. 2, Kraków 2004, . s. 600
2. Ukraina, seria: Historia państw świata w XX wieku, wyd. 2 uzupełnione, Wydawnictwo Trio, Warszawa 2006, (razem z Andrzejem Chojnowskim), .
3. Między prometeizmem a Realpolitik. II Rzeczpospolita wobec Ukrainy Sowieckiej 1921-1926, Kraków 2010, Wyd. Uniwersytet Jagielloński, s. 416.