Ze względu na zburzenie przez Krzyżaków w tym samym roku klasztoru do lokacji tej nie doszło, a cystersi w 1286 przenieśli klasztor do wsi Smeysche (miejsce to zwane było przez cystersów Koroną Matki Boskiej, stąd później wykształciła się współczesna nazwa Koronowo).
Po przeniesieniu cystersów klasztor byszewski stał się własnością parafii obsługiwanej przez księży diecezjalnych, chociaż niewykluczone, że cystersi nadal sprawowali nad nią opiekę. W 1460 Byszewo wraz z parafią wcielono do dóbr cysterskich, a cystersi powrócili do pełnej obsługi parafii. Stan ten utrzymał się aż do sekularyzacji klasztoru w 1819 roku. Mimo krótkiego funkcjonowania głównej siedziby cystersów w Byszewie, do końca funkcjonowania opactwa byli oni zamiennie nazywani koronowskimi lub byszewskimi.