W konsekwencji negatywnych opinii przełożonych pułkownik Przychocki został zwolniony ze stanowiska komendanta szpitala i oddany do dyspozycji dowódcy Okręgu Korpusu Nr IX w Brześciu.

W czasie kampanii wrześniowej 1939 po agresji ZSRR na Polskę dostał się do niewoli sowieckiej. Przebywał w obozie w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany w bezimiennej, zbiorowej mogile Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na tzw. liście Gajdideja (poz. 2659).

Postanowieniem nr 112-48-07 Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego z 5 października 2007 został awansowany pośmiertnie na stopień generała brygady.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.

23 maja 1921 ożenił się z Wandą Kaszubską, doktor medycyny, siostrą Stanisława Kaszubskiego ps. „Król” (1880–1915).

13 kwietnia 2010 przed budynkiem Starostwa Powiatowego w Będzinie uczniowie Liceum Ogólnokształcącego w Wojkowicach posadzili Dąb Pamięci gen. bryg. Stanisława Mariana PrzychockiegoPiotr Dudała, Katyń... ocalić od zapomnienia, s.