Wyposażenie w stylu barokowym i rokokowym, obejmuje m.in. kolekcję wykonanych na blasze sarmackich portretów i herbów trumiennych (m.in. Doroty z Chrząstowskich Wąglikowskiej), odnalezionych przypadkowo w 1984 przez proboszcza ks. Orlikowskiego pod likwidowanym stopniem prawego ołtarza bocznegoWakacje 2021. Mroczna klątwa i Madonna z jeziora: ksiądz kanonik zaprasza do Sanktuarium w Byszewie.
Obraz Matki Boskiej Byszewskiej Obraz będący przedmiotem szczególnego kultu w sanktuarium byszewskim pochodzi z początku XIII wieku (i jest jednym z trzech najstarszych obrazów Matki Bożej w Polsce). Obraz o wymiarach 107 x 145 cm przedstawia Matkę Bożą z Jezusem, którego trzyma na prawym ręku. Maryja ubrana jest w ciemnoczerwoną suknię i okryta płaszczem. W lewej ręce trzyma berło. Jezus prawą dłoń wznosi do błogosławieństwa, a w lewej trzyma biały kwiat.
Na odwrocie znajduje się pochodzący z XV wieku obraz męczeństwa św. Bartłomieja. Przekazy historyczne (protokół z 2 sierpnia 1699 spisany w obecności opata Bernarda Glińskiego) mówią, że w XVII wieku cudowny obraz wyłowiony został z jeziora, leżącego tuż obok kościoła. Obraz wisiał wcześniej w kaplicy przy gościńcu i już wtedy uważany był za nadzwyczajny.