W 1865 roku za jego sprawą zrealizowano projekt założenia fermy, na której osoby głuche pochodzące ze wsi mogłyby szkolić się w pracy gospodarskiej.
W 1883 roku był również inicjatorem oraz założycielem Warszawskiego Towarzystwa Głuchoniemych (późniejsza nazwa Chrześcijańskie Towarzystwo Głuchoniemych „Opatrzność”). W 1861 roku Papłoński był wizytatorem szkolnym. W ramach swoich obowiązków na polecenie ówczesnego dyrektora Komisji Rządowej Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego margrabiego Aleksandra Wielopolskiego przybył do Kalisza, gdzie jego zadaniem było zażegnanie sporu pomiędzy uczniami a rosyjskimi pedagogamiK. Poznański, Reforma szkolna w Królestwie Polskim 1862 rok, Kraków 1968, s. 65–66..
Jan Papłoński zmarł w 1885 roku w wieku 66 lat na zawał serca. Został pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera I-2-4).
Dzieła thumb|200px|Kronika Słowian wydana w 1862 w tłumaczeniu Jana Papłońskiego. Jan Papłoński publikował głównie prace z zakresu językoznawstwa oraz historii. Oprócz rozpraw w czasopismach polskich i rosyjskich dokonał z łaciny pierwszego przekładu na język polski XII. wiecznej Kroniki Słowian. Część swoich prac poświęcił historii ruchu na rzecz głuchych i ociemniałych w Polsce. Tłumaczenie Kroniki Słowian pt.