Po niemieckiej inwazji na kraj partia została zdelegalizowana przez władze okupacyjne. Już w dniu kapitulacji Holandii, 15 maja 1940, na posiedzeniu zarządu partii postanowiono zbudować nielegalną organizacje. Nielegalna KPH została poddana represjom. Setki ludzi powiązanych z partią zostało aresztowanych z czego co najmniej 130 zostało zamordowanych. Szacuje się, że w czasie wojny zginęło ponad 2000 komunistycznych bojowników ruchu oporu.
Działalność partii komunistycznej podczas wojny doprowadziła ją w okresie powojennym do szczytu popularności. W wyborach samorządowych na początku 1946 roku partia zdobyła 16% głosów w całym kraju. W gminie Amsterdam komuniści cieszyli się (wraz z lewicowym odłamem socjalistów, z którym przez pewien czas tworzyli koalicję) największym poparciem z 32% głosów i 15 mandatami. Pierwsze powojenne wybory parlamentarne w tym roku dały partii 10,6% głosów. Gazeta "Prawda" redagowana przez komunistów była jedną z najbardziej poczytnych gazet w Holandii. Pod wpływem zimnej wojny partia straciła wielu zwolenników i w 1959 uzyskała jedynie 2,4% głosów. Partia była bardzo niepopularna w czasie powstania węgierskiego w 1956, kiedy to ugrupowanie poparło radziecką inwazję.