9 stycznia 1958 roku wydała ona oficjalny dekret powołujący do życia nową wyższą uczelnię. Przewidywano budowę kilkunastu budynków, akademików oraz mieszkań dla kadry naukowej. 29 września 1959 roku odbył się pierwszy wykład w murach nowej placówki. Dzień później powstał uniwersytecki oddział Komsomołu, a w lutym następnego roku zaczęła działać lokalna komórka KPZR. Jeszcze w 1956 roku Rada Ministrów ZSRR zatwierdziła także plany powołania centrum naukowego Akademgorodok. Swe wsparcie dla projektu udzielił sowiecki przywódca Nikita Chruszczow, który odwiedził budowę kompleksu Akademgorodok dwukrotnie (1959 i 1961)Seth A., Cold War Frontier: Building the Defense Complex in Novosibirsk, w: Engel J. A. (red.), Local Consequences of the Global Cold War, Stanford 2007, s. 156.. W pierwszym roku akademickim naukę rozpoczęło 351 studentów. Do 1963 roku liczba studentów zwiększyła się do ponad tysiąca, a uniwersytet zatrudniał 383 naukowców. Po wydziałach związanych z matematyką i naukami ścisłymi otwierano kolejne wydziały, m.in. Wydział Nauk Humanistycznych w 1961 roku, a w 1967 roku Wydział Ekonomiczny. Uniwersytet na przestrzeni kilkudziesięciu lat stał się jedną z wiodących placówek edukacyjnych w Związku Radzieckim