Jeszcze przed transformacją uczelni odbyły się pierwsze demokratyczne wybory rektora, którym został Anatolij Wostrikow. 17 listopada 2000 roku uniwersytet wizytował rosyjski prezydent Władimir Putin,
Uniwersytet obecnie thumb|250px|W 2000 r. uniwersytet odwiedził Władimir Putin. 18 września 2002 roku rektor Anatolij Wostrikow podpisał w Bolonii tzw. Magna Charta Universitatum, tym samym rozpoczynając wdrażanie na uniwersytecie tzw. procesu bolońskiego. Od 2004 roku uniwersytet dysponuje nowoczesnym ośrodkiem sportowo-rekreacyjnym (tzw. Pałacem Sportu). Obecnie w skład uniwersyteckie kompleksu naukowego wchodzi 21 budynków o powierzchni 233,697 metrów kwadratowych. Funkcję rektora od 2005 roku pełni Nikolaj Pustowoj. Biblioteka uniwersytecka gromadzi w swych zbiorach ponad milion pozycji, działa także muzeum uniwersyteckie. Od początku swego istnienia uczelnię opuściło około 75 tysięcy absolwentów.
Poczet rektorów Andriej Potużnyj (1953–1955) Gieorgij Łyszczyński (1955–1990) Anatolij Wostrikow (1990–2005) Nikolaj Pustowoj (od 2005)