Linie międzymiastowe (Intercity) ■ Linia Fukuchiyama (福知山線) (Ōsaka − Fukuchiyama) Zawiera Linię JR Takarazuka. ■ Linia Hakubi (伯備線) (Kurashiki − Hōki-Daisen) ■ Główna linia Hokuriku(北陸本線) (Maibara − Naoetsu) Zawiera Biwako Line. ■ Linia Honshi-Bisan (本四備讃線) (Chayamachi − Kojima − Utazu) nieoficjalna nazwa: Linia Seto-Ōhashi ■ Główna linia Kansai (関西本線) (Nagoja − Kameyama − Kamo) Zawiera Linię Yamatoji. ■ Główna linia Kisei (紀勢本線) (Shingū − Wakayamashi) Zawiera Linię Kinokuni. ■ Główna linia San’in (山陰本線) (Sonobe − Shimonoseki) Zawiera Linię Sagano. ■ Główna linia San'yō(山陽本線) (Kobe − Shimonoseki, Hyōgo − Wadamisaki) Zawiera Linię JR Kobe. ■ Główna linia Takayama (高山本線) (Inotani − Toyama) ■ Główna linia Tōkaidō (東海道本線) (Maibara − Kobe) Zawiera linie: Biwako, JR Kyoto i JR Kobe.