Jego pojawienie się na pierwszym planie sceny politycznej, wydało się być kompromisem pomiędzy wojskową prawicą a lewicą. Ouédraogo utworzył Radę Ocalenia Narodowego, unieważnił antystrajkowe dekrety i zezwolił związkom na działalność. Na stanowisko premiera powołał Sankarę, cieszącego się dużą popularnością pośród młodzieży i w armii.
Nowy premier popadł w konflikt z prezydentem po śmiałych wystąpieniach na wiecach politycznych z 9 i 16 kwietnia 1983 roku. W przemowach ostro wypowiedział się przeciwko korupcji. Śmiałe poglądy kapitana Sankary przyniosły mu ogromną sympatię społeczną. Zaniepokojony coraz większymi wpływami Sankary, Ouédraogo postanowił wyeliminować go i resztę lewicowych wojskowych. W nocy z 16 na 17 maja bieżącego roku zapadła decyzja o aresztowaniu Sankary i internowaniu go w północnej części kraju. Pozostałym oficerom lewicowego skrzydła Rady Ocalenia Narodowego udało się zbiec. Według plotek, które narodziły się w tym czasie, w akcje przeciwko lewemu skrzydłu armii zaangażowana była administracja francuska. Francuzi mieli dążyć do eliminacji Sankary i innych lewicowców ze względu na ich bliskie konotacje z LibiąB Ndiaye Thomas Sankara – utracona nadzieja Afryki (CEJSH, 2008) s. 280-1.