W 1951 został profesorem zwyczajnym w Katedrze Botaniki Leśnej Wydziału Leśnego Uniwersytetu Jagiellońskiego, a po jego likwidacji w 1952 przeniósł się do Katedry Systematyki i Geografii Roślin Instytutu Botanicznego Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UJ. Kierował tą katedrą faktycznie od 1960 (po śmierci W. Szafera), formalnie od 1961. Przeszedł na emeryturę w 1965.

Od 1953 był także związany z Zakładem Botaniki PAN, przekształconym w 1956 w Instytut Botaniki PAN, był zastępcą dyrektora (1953–1960), następnie dyrektorem instytutu (1961–1968).

Od 1945 był członkiem korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności, w 1952 został członkiem korespondentem, w 1966 członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk.

W 1955 otrzymał Medal 10-lecia Polski LudowejLista osób odznaczonych „Medalem 10-lecia Polski Ludowej” (.).

W trakcie międzynarodowej wycieczki specjalistów geografii roślin w Grecji podczas wspinaczki na górę Olimp spadł z dwudziestometrowej wysokości i doznał obrażeń, w wyniku czego zmarł 27 lipca 1971 w szpitalu w Salonikach. Pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie. Mąż botaniczki Stanisławy Pawłowskiej.