Nagrody i wyróżnienia Sam zaznaczał, że – dzięki otrzymaniu pierwszej Nagrody Nobla – rok 1901 był szczytowym okresem jego kariery. Wcześniej, w 1885, mianowano go członkiem Królewskiej Holenderskiej Akademii Nauk. Na uwagę zasługuje fakt, że w 1880 nie został członkiem Akademii z powodu nieuzyskania dostatecznej liczby głosów, co dowodzi, że początkowo jego idee nie były dobrze przyjmowane w ojczyźnie. W 1895 odznaczony Pour le Mérite za Naukę i Sztukę. Ponadto otrzymał tytuł doctora honoris causa na Uniwersytecie Harvarda (1901), Uniwersytecie Yale (1901), Uniwersytecie Wiktorii w Manchesterze (1903) i Uniwersytecie Heidelberskim (1908). Został odznaczony Medalem Davy’ego, przyznawanym przez Towarzystwo Królewskie (1893), Medalem Helmholtza, przyznawanym przez Pruską Akademię Nauk (1911), oraz mianowany Kawalerem Legii Honorowej (1894) i Senatorem Towarzystwa Cesarza Wilhelma (1911). Był również członkiem honorowym Towarzystwa Chemicznego w Londynie (1898), Królewskiej Akademii Nauk w Getyndze (1892), Amerykańskiego Towarzystwa Chemicznego (1898), Académie des Sciences w Paryżu (1905).
Życie prywatne Van ’t Hoff kochał przyrodę. Jako student w Lejdzie uczęszczał na wycieczki z botanikami. Również podczas pobytu w Bonn często chadzał na piesze wycieczki po górach. Uwielbiał poezję.